Pada awal 1260 M itulah Mesir terancam oleh serangan Mongol yang dipimpin Timur Lenk yang sudah berhasil menduduki hampir seluruh dunia Islam di dari Persia, Irak, sampai Suriah. Pasukan Dinasti Mamluk dan Mongol bertemu di Ayn Jalut, Palestina, pada 13 September 1260 M. Tentara Mamluk dipimpin Qutuz dan Baybars berhasil menghancurkan pasukan Mongol yang sedang tak di pimpin langsung oleh Timur Lenk.
Philip K Hitty dalam bukunya History of the Arabs menulis, kemenangan tentara Muslim Mesir atas tentara Muslim Mongol tersebut membuat Dinasti Mamluk menjadi tumpuan harapan umat Islam sekitarnya. Banyak dinasti-dinasti kecil yang akhirnya menyatakan kesetiaannya pada Mesir, salah satunya adalah Suriah.
Setelah Sultan Qutuz wafat, Baybars kemudian menggantikannya memimpin Dinasti Mamluk mulai 1260 M hingga 1277 M. Baybars adalah sultan terbesar dan termasyhur di antara 47 sultan Dinasti Mamluk lainnya.
Pada masa pemerintahannya, Baybars berhasil mengorganisasi angkatan perang, membangun kembali angkatan laut, memperkuat benteng, menggali sejumlah kanal, memperbaiki pelabuh an, serta menghubungkan Kairo dan Damaskus dengan layanan burung pos yang hanya butuh waktu empat hari.
Sultan yang bernama lengkap al- Malik al-Zhahir Rukn al-Din Baybar al Bunduqdari ini pada awalnya adalah seorang budak dari Turki yang pada usia muda dijual ke Damaskus seharga 800 dirham. Ia kemudian dikembalikan lagi oleh pembelinya karena terdapat cacat di salah satu mata birunya.