Islam pertama kali diperkenalkan di kawasan Bosnia dan Herzigovina saat penaklukan Ottoman paruh kedua abad ke-15, atau sekitar 1463. Namun, butuh waktu 100 tahun Islam menjadi mayoritas di negara tersebut.
Ketua komunitas Islam Bosnia Herzegovina Husein Kavazovic mengatakan, Islam menyebar di Bosnia melalui institusi yang didirikan oleh Ottoman Turki (Kesultanan Utsmaniyah). Islam tidak disebarkan dari orang yang berceramah keliling atau pedagang seperti di Venesia.
Sejak awal, Islam di Bosnia adalah Islam yang institusional memiliki ulama dan sekolah agama. Pada 1600, sebanyak dua per tiga penduduk Bosnia adalah Muslim. Mereka mendapat otonomi setelah pemberontakan Bosnia pada 1831.
Setelah Kongres Berlin, kekuasaan Ottoman di kawasan ini berakhir pada 1878 dan beralih di bawah Kekaisaran Austria-Hongaria, umat Islam membantu dalam membangun pusat Insitusi Islam Mashikha Islamiyya.
Selain itu, umat Islam saat itu juga membangun kembali sekolah agama dan fakultas Islam dengan menerapkan disiplin ilmu tradisional dan ilmu pengetahuan modern. Ketika itu ulama Bosnia juga telah mempraktikkan tasawuf dasar. Umat Islam telah lama belajar dengan buku-buku yang ditulis oleh ulama dan memiliki masjid sebagai pusat belajar.
Bosnia, Albania, dan Kosovo merupakan bagian negara Kekaisaran Ottoman di Balkan yang sebagian besar penduduknya memeluk Islam dan tetap tinggal di sana hingga merdeka. Di negara lain, setelah Ottoman tak lagi memegang kekuasaan, banyak Muslim yang diusir, dipaksa pindah agama, dibantai, juga melarikan diri ke negara lain.